מסנני רוטארי הנם מסננים חצי אוטומטיים בהם שטיפה חוזרת נעשית ע”י פתיחת ברז ניקוז וסיבוב גוף המסנן סביב צירו פעמיים או שלושה סיבובים, כל זה כאשר הדיסקות נשארות מהודקות. אין צורך לפרק את המסנן כדי להוציא אלמנט סינון לניקוי או כדי להחליפו.

חתך של מבנה מסנן רוטארי מתואר באיור בצד. כניסת מים מלוכלכים דרך הציר המרכזי משם הם מסתעפים לצד החיצון של שדרת הדיסקות, עוברים סינון בין הדיסקות והמים הנקיים זורמים החוצה דרך היציאה בציר (בקצהו השני—מסומן OUT) . הגוף המסתובב מתוכנן עם צלעות פנימיות היוצרות תאים אורכיים אשר מוליכים את הזרימה הנכנסת לדיסקות. אחד התאים מחובר פנימית לברז הניקוז אשר בעת פתיחתו יוצר זרימה הפוכה – מתוך החלל הפנימי המלא במים נקיים החוצה דרך מעברי הסינון, תא הניקוז וברז הניקוז. סיבוב גוף המסנן גורם לתא השטיפה ל”סרוק” את שידרת הדיסקות בכל ההיקף שלה כך שכל היקף תבליט הלבירינט מתנקה מהלכלוך, זאת כאשר מי השטיפה הם מיים נקיים שסוננו דרך הדיסקות קודם למעבר לחלל הפנימי.